Bei Bautrocknern gibt es verschiedene Funktionsweisen. Entweder kommt das Prinzip der Kondensation oder der Adsorption zur Anwendung. Die wohl am häufigsten eingesetzten Bautrockner sind die sogenannten Kondensationstrockner. Diese Geräte mit Kompressor nutzen den physikalischen Vorgang der Taubildung an kalten Oberflächen. Es sind Kühlrippen beziehungsweise Kühllamellen verbaut, an denen die Raumluft mittels eines Lüfters vorbeigeführt wird. So bildet sich Kondenswasser, das in einem großen Behälter gesammelt wird. Dieser Wasserauffangbehälter muss regelmäßig geleert werden.
Ein moderner Bautrockner schaltet sich automatisch dann ab, wenn der Behälter voll ist. Für größere Objekte eignen sich auch Kondensationstrockner mit Ablaufschlauch. Diese Trockner arbeiten relativ schnell und kontinuierlich. Außerdem ist der Trocknungsgrad begrenzt, damit es nicht zu einer Übertrocknung kommt. Ein Kondensationstrockner ist zuverlässig und relativ günstig im Stromverbrauch.
Bei einem Adsorptionstrockner wird ein Trockenmittel eingesetzt, das der Luft die Feuchtigkeit entzieht – die Luftfeuchtigkeit sinkt. Diese Art Bautrockner arbeitet aufwändiger und ist teurer im Einsatz. Ein Vorteil ist allerdings, dass ein Adsorptionstrockner auch bei Temperaturen unter null Grad eingesetzt werden kann. Zudem lässt sich mit diesem Gerät ein sehr niedriger Luftfeuchtewert erreichen (bis knapp an null Prozent). Beim Einsatz von Adsorptionstrocknern sollte immer ein Fachmann zu Rate gezogen werden. Denn bei diesen Bautrocknungsgeräten besteht immer die Gefahr, dass bestimmte Baustoffe zu trocken werden wie zum Beispiel bei Holz.